O Mestrado em Engenharia Informática (MEI) dá aos seus estudantes uma formação abrangente e flexível na área da Informática. Constituído de modo a solidificar e sistematizar os conhecimentos base, permitir acesso uma especialização e promover uma cultura interdisciplinar (característica transversal aos cursos do ISCTE), o MEI mantém uma forte ligação às empresas, sendo ideal quer para a formação de recém-licenciados, quer para a renovação de conhecimentos nesta área em constante mudança. Com diversas áreas de especialização em desenvolvimento, o recém reestruturado MEI continua a formar profissionais altamente requeridos no mercado de trabalho.