Os cursos de mestrado do Iscte abrangem um conjunto muito diverso de áreas de estudo, o que permite não só dar resposta às necessidades do mercado de trabalho, como aos interesses particulares dos estudantes. Os programas de mestrado têm a duração de quatro semestres, correspondentes a 120 créditos ECTS, e incluem uma componente curricular e a elaboração de uma dissertação ou de um trabalho de projeto.