A oferta formativa ao nível dos doutoramentos abrange um vasto leque de áreas científicas, desde as tradicionais às emergentes. Alguns destes programas são oferecidos em associação com universidades estrangeiras. Os estudantes de doutoramento têm a possibilidade de participar ativamente em projetos de investigação nacionais e internacionais, desenvolvidos nos centros de investigação da universidade.
Os programas de doutoramento integram a realização de um curso de doutoramento constituído por unidades curriculares dirigidas à formação para a investigação, e a elaboração de uma tese original especialmente para este fim, adequada à natureza do ramo de conhecimento ou da especialidade, ou a compilação de um conjunto coerente e relevante de trabalhos de investigação.
