Os órgãos do Departamento são o Director e a Comissão Cientifica.
O Director é coadjuvado por dois subdirectores doutorados do departamento:
- Sub-directores:
- Gustavo Cardoso
- Maria das Dores Guerreiro
A comissão científica é composta por:
- Director:Rui Pena Pires
- Membros eleitos:
- Alan Stoleroff
- Anália Torres
- António Firmino da Costa
- Teresa Seabra
As competências dos órgãos encontram-se definidas no Regulamento do Departamento.