Os órgãos do Departamento de História são o Director e a Comissão.
- Directora: Doutora Maria João Vaz
O Director é coadjuvado por dois subdirectores doutorados do departamento:
- Sub-directores:
- Ana Maria Pina
- Carlos Maurício
A comissão científica é composta por:
- Director: Maria João Vaz
- Membros eleitos:
- Magda Pinheiro
- Luís Nuno Rodrigues
As competências dos órgãos encontram-se definidas no Regulamento do Departamento.