Os órgãos do Departamento são o Director e a Comissão Cientifica.
- Director: Américo Correia
O Director é coadjuvado por dois subdirectores doutorados do departamento:
- Sub-directores:
- Pedro Ramos
- Ricardo Fonseca
A comissão científica é composta por:
- Director:Américo Correia
- Membros eleitos:
- Pedro Ramos
- Ricardo Fonseca
- Luis Botelho
- Jorge Costa
As competências dos órgãos encontram-se definidas no Regulamento do Departamento.