Os órgãos do Departamento são o Director e a Comissão Científica.
O Director é coadjuvado por dois sub-directores doutorados do departamento:
- Sub-directores:
- Brian O’Neill
- Filipe Verde
A Comissão Científica é composta por:
- Director:Filipe Reis
- Membros eleitos:
- Brian O’Neill
- Jorge Freitas Branco
- Filipe Verde
As competências dos órgãos encontram-se definidas no Regulamento do Departamento.